Shiseido werd opgericht in 1872, vier jaar na de Meiji Restauratie. Arinobu Fukuhara, voormalig hoofdapotheker van de Japanse marine, opende de eerste Japanse privé-apotheek in westerse stijl op de Ginza, het culturele en modecentrum van Japan. Bezorgd over de slechte kwaliteit van de geneesmiddelen die aan het publiek worden verkocht, opende Arinobu de Shiseido Pharmacy om de westerse farmaceutische producten te introduceren toen de kruidengeneeskunde nog mainstream was. Deze avant-gardistische apotheek, die grotendeels gericht was op onderzoek en ontwikkeling, groeide uit tot een van de oudste nog bestaande Japanse bedrijven.

De basis van Shiseido werd meer dan een eeuw geleden gelegd, zijn pioniersgeest die oosterse esthetiek combineert met westerse wetenschap en bedrijfstechnologie, blijft vandaag de dag voortleven om te dienen als de onderliggende filosofie van Shiseido's bedrijfsactiviteiten.

Shiseido begon zijn "chainstore" netwerk te vormen in 1923. Winkeliers kregen een speciale opleiding om ervoor te zorgen dat consumenten in het hele land konden genieten van producten en diensten van consistente hoge standaarden. Het netwerk is vandaag de dag gegroeid tot ongeveer 25.000 verkooppunten.

Op 14 juni werd Shiseido, voorheen een commanditaire vennootschap, een vennootschap op aandelen onder Arinobu Fukuhara's derde zoon, Shinzo's leiding.

Shiseido's eerste president, Shinzo Fukuhara studeerde af aan de faculteit geneeskunde van de Universiteit van Columbia. Tijdens zijn verblijf in de Verenigde Staten, vanaf 1908, werkte hij in een voorstedelijke New Yorkse drogisterij en later in een cosmeticafabriek van een Amerikaanse farmaceutische fabrikant. Onder zijn leiding werd de basis gelegd voor een onderscheidende Shiseido-benadering van zaken doen en creëren.

De Camellia Club, een dienst voor trouwe Shiseido klanten, werd opgericht in 1937. Gelijktijdig met de oprichting van de club gaf Shiseido een modetijdschrift uit, HANATSUBAKI (Camellia). Het tijdschrift vindt zijn oorsprong in de eerste Japanse cultuurmagazines van een cosmeticabedrijf, die vanaf 1924 door Shiseido werden uitgegeven voor distributie aan klanten via het landelijke netwerk van kringloopwinkels. In 1933 werd het omgedoopt tot SHISEIDO GRAPH en in 1937 werd het HANATSUBAKI.

HANATSUBAKI magazine bood artikelen aan over binnenlandse en buitenlandse mode, reizen en kunst. Essays en commentaren van vooraanstaande literaire figuren uit die tijd werden ook opgenomen in dit tijdschrift, dat vandaag de dag nog steeds maandelijks door Shiseido wordt uitgegeven.

Op dit moment is de Japanse Camellia Club uitgegroeid tot een ledenaantal van ongeveer 9 miljoen.

In 1957 lanceerde Shiseido de verkoop in Taiwan, waarna de export naar Singapore en Hong Kong op de voet gevolgd werd. In 1962 breidde Shiseido uit naar Hawaï en in 1965 werd Shiseido Cosmetics America opgericht om de verkoop op het vasteland te starten. De Europese verkoop begon met Italië in 1968 en officieel in Oceanië met Nieuw-Zeeland in 1971.

Om het groeiende wereldwijde distributienetwerk te ondersteunen, stelde Shiseido in 1980 de Franse kunstenaar Serge Lutens aan als internationale beeldmaker.

De geschiedenis van Shiseido op het gebied van reclame en beeldcreatie is er altijd een geweest van evolutie en vernieuwing. Toen Shiseido op zoek ging naar nieuw wereldwijd beeldmateriaal voor haar internationale marketing, keerde het zich in een volledig avant-gardistische richting, die van een samenwerking met Serge Lutens, die een reputatie had opgebouwd als haar- en make-up kunstenaar voor Vogue.