Shiseido wurde 1872 gegründet, vier Jahre nach der Meiji-Restauration. Arinobu Fukuhara, ehemaliger Chefapotheker der japanischen Marine, eröffnete Japans erste private Apotheke im westlichen Stil auf der Ginza, dem Kultur- und Modezentrum Japans. Besorgt über die schlechte Qualität der an die Öffentlichkeit verkauften Pharmazeutika, eröffnete Arinobu die Shiseido-Apotheke, um Pharmazeutika westlichen Stils einzuführen, als die pflanzliche Medizin noch Mainstream war. Diese Avantgarde-Apotheke, die weitgehend auf Forschung und Entwicklung ausgerichtet war, entwickelte sich zu einem der ältesten überlebenden Unternehmen Japans.
Das Fundament von Shiseido, das vor über einem Jahrhundert gelegt wurde, sein Pioniergeist, der östliche Ästhetik mit westlicher Wissenschaft und Geschäftstechnologie verbindet, lebt auch heute noch weiter und bildet die Grundlage der Unternehmenstätigkeit von Shiseido
Shiseido begann 1923 mit der Bildung seines "Kettenladen"-Netzes. Den Ladenbesitzern wurden spezielle Schulungen angeboten, um sicherzustellen, dass die Verbraucher im ganzen Land Produkte und Dienstleistungen von gleichbleibend hohem Standard genießen konnten. Das Netzwerk ist bis heute auf etwa 25.000 Verkaufsstellen angewachsen.
Am 14. Juni wurde Shiseido, ehemals eine Kommanditgesellschaft, unter Arinobu Fukuharas drittem Sohn, unter der Führung von Shinzo, in eine Aktiengesellschaft umgewandelt.
Shiseidos erster Präsident, Shinzo Fukuhara, schloss sein Studium an der medizinischen Fakultät der Columbia University ab. Während seines Aufenthalts in den Vereinigten Staaten arbeitete er ab 1908 in einer New Yorker Drogerie in einem Vorort und später in der Kosmetikfabrik eines amerikanischen Pharmaherstellers. Unter seiner Führung wurden die Grundlagen für einen unverwechselbaren Shiseido-Ansatz für Wirtschaft und Kreation geschaffen.
Der Camellia Club, ein Service für treue Shiseido-Kunden, wurde 1937 gegründet. Zeitgleich mit der Gründung des Clubs gab Shiseido die Modezeitschrift HANATSUBAKI (Camellia) heraus. Die Zeitschrift geht auf Japans erste Kulturzeitschriften eines Kosmetikunternehmens zurück, die Shiseido ab 1924 herausgab, um sie über das landesweite Netz von Handelsketten an Kunden zu verteilen. Sie wurde 1933 in SHISEIDO GRAPH umbenannt und 1937 in HANATSUBAKI umbenannt.
Die Zeitschrift HANATSUBAKI bot Artikel über Mode aus dem In- und Ausland, Reisen und Kunst. Essays und Kommentare von führenden Literaten der Zeit wurden ebenfalls in dieser Zeitschrift veröffentlicht, die auch heute noch monatlich von Shiseido herausgegeben wird.
Gegenwärtig ist der Japanische Kamelien-Club auf eine Mitgliederzahl von etwa 9 Millionen angewachsen.
Im Jahr 1957 startete Shiseido den Verkauf in Taiwan, dicht gefolgt von Exporten nach Singapur und Hongkong. 1962 expandierte Shiseido nach Hawaii und gründete 1965 Shiseido Cosmetics America, um mit dem Verkauf auf dem Festland zu beginnen. Der Verkauf in Europa begann 1968 mit Italien und 1971 offiziell in Ozeanien mit Neuseeland.
Um sein expandierendes globales Vertriebsnetz zu unterstützen, ernannte Shiseido 1980 den französischen Künstler Serge Lutens zum internationalen Bildgestalter.
Shiseidos Geschichte der Werbung und der Bildgestaltung war stets von Entwicklung und Erneuerung geprägt. Als Shiseido neue globale Bilder für sein internationales Marketing suchte, wandte sich das Unternehmen einer völlig avantgardistischen Richtung zu, nämlich der Zusammenarbeit mit Serge Lutens, der sich als Haar- und Make-up-Künstler für die Vogue einen Namen gemacht hatte.