Shiseido a été fondée en 1872, quatre ans après la restauration Meiji. Arinobu Fukuhara, ancien pharmacien en chef de la marine japonaise, a ouvert la première pharmacie privée de style occidental du Japon sur le site de Ginza, le centre culturel et de la mode du Japon. Préoccupé par la mauvaise qualité des produits pharmaceutiques vendus au public, Arinobu a ouvert la pharmacie Shiseido pour introduire des produits pharmaceutiques de style occidental à l'époque où la médecine par les plantes était encore courante. Cette pharmacie d'avant-garde, largement orientée vers la recherche et le développement, est devenue l'une des plus anciennes entreprises du Japon encore en activité.
Les fondations de Shiseido ont été posées il y a plus d'un siècle, son esprit pionnier qui combine l'esthétique orientale avec la science et la technologie commerciale occidentales, continue de vivre aujourd'hui pour servir de philosophie sous-jacente aux activités de l'entreprise Shiseido
Shiseido a commencé à former son réseau de "chaînes de magasins" en 1923. Les propriétaires de magasins ont reçu une formation spéciale pour s'assurer que les consommateurs de tout le pays puissent bénéficier de produits et de services répondant à des normes élevées et cohérentes. Le réseau s'est développé pour atteindre environ 25 000 points de vente aujourd'hui.
Le 14 juin, Shiseido, anciennement une société en commandite, est devenue une société par actions sous la direction du troisième fils d'Arinobu Fukuhara, Shinzo.
Le premier président de Shiseido, Shinzo Fukuhara, est diplômé de la faculté de médecine de l'université de Columbia. Pendant son séjour aux États-Unis, à partir de 1908, il a travaillé dans une pharmacie de la banlieue de New York, puis dans une usine de cosmétiques d'un fabricant pharmaceutique américain. Sous sa direction, les bases d'une approche distinctive de Shiseido en matière de commerce et de création ont été jetées.
Le Camellia Club, un service destiné aux clients fidèles de Shiseido, a été fondé en 1937. Coïncidant avec la création du club, Shiseido a publié un périodique de mode, HANATSUBAKI (Camélia). Le magazine tire ses racines des premiers magazines culturels japonais d'une société de cosmétiques, publiés par Shiseido à partir de 1924 pour être distribués aux clients par le biais du réseau national de chaînes de magasins. Rebaptisé SHISEIDO GRAPH en 1933, il est devenu HANATSUBAKI en 1937.
Le magazine HANATSUBAKI propose des articles sur la mode nationale et internationale, les voyages et les arts. Des essais et des commentaires de personnalités littéraires de premier plan de l'époque figuraient également dans ce magazine, qui est toujours publié mensuellement par Shiseido aujourd'hui.
Actuellement, le Japanese Camellia Club s'est développé et compte environ 9 millions de membres.
En 1957, Shiseido a lancé ses ventes à Taïwan, suivies de près par les exportations vers Singapour et Hong Kong. En 1962, Shiseido s'est étendue à Hawaï et en 1965, elle a créé Shiseido Cosmetics America pour commencer les ventes sur le continent. Les ventes en Europe ont commencé avec l'Italie en 1968 et officiellement en Océanie avec la Nouvelle-Zélande en 1971.
Pour soutenir son réseau de distribution mondial en pleine expansion, Shiseido a nommé en 1980 l'artiste français Serge Lutens comme son créateur d'image international.
L'histoire de la publicité et de la création d'images de Shiseido a toujours été marquée par l'évolution et le renouvellement. Lorsque Shiseido a cherché de nouvelles images mondiales pour son marketing international, elle s'est tournée vers une direction entièrement avant-gardiste, celle d'une collaboration avec Serge Lutens qui s'était fait une réputation en tant que coiffeur et maquilleur pour Vogue.